L’Archivio storico dell’Università degli Studi di Pavia, conservato presso Palazzo San Tommaso, accoglie le serie documentarie prodotte dall’attività istituzionale degli organi e degli uffici dell’Ateneo pavese a partire dal 1860 circa. La documentazione relativa agli anni compresi tra le origini (1361), e la prima metà del XIX secolo fu depositata dall’Università nel 1962 presso l’Archivio di Stato di Pavia. A seguito di tale versamento, dettato dalla volontà dell’allora direttore dell’Archivio di Stato di dotare l’appena costituita struttura di fondi importanti tali da promuoverne l’attività e dalla necessità da parte della Biblioteca universitaria di recuperare i locali allora adibiti alla custodia dell’archivio universitario giudicati indispensabili per lo sviluppo quantitativo e qualitativo della Biblioteca stessa, le carte dei secoli XIX e XX rimasero nei vari edifici universitari, disseminate nelle varie sedi delle Facoltà e degli Istituti. L’obiettivo di una riorganizzazione complessiva dell’Archivio storico prese le mosse dal convegno nazionale organizzato dal Centro per la storia del ‘900 e dal Centro per la storia dell’Università di Pavia su “Gli archivi storici delle Università italiane e il caso pavese”, svoltosi nel novembre 2000, in cui l’Università di Pavia si poneva all’interno di una rete di contatti con le altre Università italiane che si erano mosse nella direzione del recupero e della valorizzazione dei propri archivi. Furono concessi dalla Commissione Edilizia di Ateneo i primi spazi per ospitare l’Archivio, cioè la navata superiore dell’antica chiesa di San Tommaso, incorporata nella struttura architettonica che costituiva l’omonimo complesso conventuale. Tale complesso, dopo essere stato adibito prima a Seminario generale per la Lombardia e poi a caserma, fu acquisito agli inizi degli anni ’90 del secolo scorso dall’Ateneo pavese che vi trasferì l’allora Facoltà di Lettere, oggi Dipartimento di Studi umanistici. L’inaugurazione della sede dell’Archivio storico ha avuto luogo il 12 dicembre 2002, durante le iniziative svoltesi in occasione dell’apertura dell’Anno Accademico 2002-2003. Con gli stanziamenti erogati dall’Università, dalla Fondazione Cariplo e dalla Regione Lombardia furono avviati i progetti di inventariazione informatizzata dei primi nuclei documentari. Il 28 maggio 2007 l’allora rettore Angiolino Stella aprì ufficialmente al pubblico l’Archivio storico durante il convegno L’Archivio storico dell’Università di Pavia: una storia da scrivere. L’Archivio storico si è dotato di un Regolamento approvato con Decreto rettorale n. 1103/07 del 1° giugno 2007, entrato in vigore attraverso l’emanazione del Decreto rettorale n. 197/08 del 1° febbraio 2008 e successivamente modificato dal Consiglio di Amministrazione nella seduta del 24 novembre 2015. Il 25 giugno 2007 fu costituita la Divisione Archivi in base alla Determinazione Dirigenziale n. 1429 del 25 giugno 2007 sul riordino dell’Amministrazione. Della Divisione Archivi facevano parte l’Ufficio archivio e protocollo, che gestiva anche l’Archivio di deposito, e l’Archivio storico. A partire del 2011 l’Archivio storico è entrato a far parte del Servizio Sistemi Archivistici di Ateneo, prima sotto l’Area Gestione sistemi, ambiente e sicurezza, insieme al Protocollo e Archivio di deposito (Determina Dirigenziale 452/2011) e dal 2015 sotto l’Area Beni Culturali (Determina Dirigenziale 868/2015 del 31 marzo 2015).