Il microtomo, da usare attaccato alla sporgenza di un tavolo mediante una morsa, si compone di una sostegno che regge il portacampione e il portalama (in questo strumento la lama è mancante). Una manovella comanda un ingranaggio che permette di regolare lo spessore del taglio. Collegato al portacampione c'è un ugello di fuoriuscita del gas che, espandendosi, congela il campione. Dal microtomo si diparte un tubo flessibile che lo collega ad una bombola colma solitamente di anidride carbonica.

Sezionamento sottile di oggetti o tessuti per essere osservati in trasparenza al microscopio.

Il microtomo a congelamento affetta campioni congelati mediante gas, ottenendo sezioni di spessore molto fine.