Lo strumento è composto da due piedi che reggono una piastra in ghisa a forma di Y in cui si inserisce una lastra di cristallo che funge da elemento separatore. Sui due bracci della Y sono fissate lastre di cristallo su cui scorrono l'oggetto da sezionare e il rasoio. Completano la struttura un carrello portacoltello con manovella motrice per farlo scorrere e un sistema di pulegge nelle quali scorre un filo di canapa.

Sezionamento sottile di oggetti o tessuti per essere osservati in trasparenza al microscopio.

Ad un'estremità del microtomo è posta una vite con scala graduata che permette di stabilire lo spessore del taglio. Per lo scorrimento del carrello si usa una manovella il cui movimento rotatorio è tradotto in rettilineo alternato.