Il tubo è diviso in due parti, una di 10,9 cm e l'altra di 5,6 cm e può essere usato verticalmente o, mediante un prisma intermedio, con una inclinazione di 30 gradi. Il piede, costituito da tre barre, è ripiegabile e sostiene una colonna a sezione rettangolare alla cui sommità è fissata, con giunto a compasso, una barra orizzontale che porta una rotella, alla quale sono fissati sia il tubo ottico che gli obiettivi. Questa barra si può sollevare di 90 gradi per una comoda sostituzione delle ottiche e per la loro immersione nei liquidi. Il tavolino traslatore si sposta in senso longitudinale mediante una manopola posta alla sua sinistra, ed è fissato a un grande manicotto che circonda la colonna, al quale è applicata la manopola zigrinata a campana della messa a fuoco micrometrica. A destra un'altra grande manopola con pignone e asta dentata provvede alla messa a fuoco ordinaria. Sotto al tavolino è avvitato un cilindro contenente una lente emisferica in vetro flint ad alto indice di rifrazione come condensatore di luce. La luce è convogliata dallo specchio mobile fissato alla barra anteriore del piede. Lo specchio porta due facce piane, ad una delle quali è applicata una lente pianoconvessa per far convergere la luce. Allo strumento sono applicati due prismi retti di vetro flint, con due facce convesse e una piana. Quello superiore è applicato mediante asta mobile alla barra orizzontale e serve a illuminare i preparati obliquamente dall'alto. L'altro è fissato al manicotto sotto al tavolino e può essere mosso e fermato in ogni posizione per un'illuminazione obliqua dal basso. Lo strumento è riposto in una cassetta di rovere, dotata di appositi alloggiamenti per lo strumento stesso e per i suoi accessori. Accessori: Due oculari; Diciassette obiettivi distribuiti in sei serie (la due è mancante). Gli obiettivi sono composti da elementi semplici o acromatici, contenuti in ghiere di ottone contrassegnate e avvitabili l'una all'altra. Un piccolo coperchio viene avvitato prima di riporle negli appositi fori della cassetta; Un lieberkuhn (che andava usato con la serie due degli obiettivi); Accessori utilizzati nella tecnica a immersione con la serie sei di oculari (lastre di vetro su cui è fissato un cilindretto di vetro, telaietti quadrati di ottone con un foro circolare nel centro e chiuso da una sottilissima lastra di vetro). Disco per l'illuminazione di corpi opachi; Vetrini che servono a verificare la perfezione degli obiettivi; Alcuni accessori sono avvolti in fogli manoscritti.

Il microscopio è uno strumento che permette di osservare oggetti non percettibili ad occhio nudo consentendone l'ingrandimento.

Lo strumento poteva essere utilizzato ricorrendo o meno alla tecnica dell'immersione, che consiste nel porre una goccia d'acqua o di olio tra il vetrino coprioggetto e la lente frontale dell'obiettivo, in modo che fra essi non vi sia intercapedine d'aria. Questo accorgimento riduce la porzione dei raggi che provenendo dall'oggetto in esame subiscono una riflessione totale sul vetrino coprioggetti, sfuggendo all'obiettivo, e ne aumenta l'apertura numerica. In tal modo si migliora il potere risolutivo del sistema ottico.\r\nPer l'utilizzo con la tecnica ad immersione le istruzioni scritte da Amici nella lettera di accompagnamento sono: "si bagna la punta di un sottile pennello nell'acqua distillata o di pioggia e con esso si tocca la superficie esterna della lente Y alla quale (supposto tolta ogni untuosità) resterà aderente una piccola goccia fluida che non si stacca quando anche la serie sia collocata al suo posto sotto la Rotella. Ora sopra la Lastra di vetro che copre l'oggetto microscopico si metta un'altra goccia d'acqua. Alzando convenientemente l'oggetto girando il Bottone del moto rapido e quindi la vite micrometrica, si portano a contatto le due gocce, le quali compenetrandosi formano sotto la lente inferiore della serie 5 una sottile lama fluida e così danno chiarezza e nitidezza maggiore all'oggetto che si vuole osservare" (G.B. Amici a G. Sangalli, 1857).